在進化的過程中，祖先們不斷面臨新的環境和挑戰，這促進了我們大腦的進化。比如，為了應付復雜的視覺信息，產生了視皮層；為了應付復雜任務，產生了前額葉。因為大腦是連續進化的產物，所以只能在舊有結構的基礎上做改良，而不能推倒重來。所以它有一個非常顯著的“缺陷”：大腦中的各大部分的進化程度參差不一，遺留了很多“歷史問題”。
這就好比飛機工程師這么工作：先做一個螺旋槳發動機，再改進它，不能全拆掉重新設計，一次只能更換一個零件，所有的零件都不能廢棄不用，漸漸地把螺旋槳發動機改造為噴氣式發動機，每個部件的功能還得比以前更先進。
關于這方面的內容，有一個有趣的假說?！叭灰惑w的大腦”（triune brain）假說是 Paul MacLean 于上世紀60年代提出的理論。此理論根據在進化史上出現的先后順序，將人類大腦分成“爬行動物腦”、“古哺乳動物腦”和“新哺乳動物腦”三大部分。簡單地說，“新哺乳動物腦”控制著認知功能，包括語言理解、學習和記憶、推理和計劃等等；“古哺乳動物腦”關系著社交、互惠和育兒等從早期哺乳動物就開始具備的行為；“爬行動物腦”則與保護領土、儀式化和其他類似的爬行動物行為相關。
所以說，人類的大腦不是一蹴而就的整體設計的產物。就像一臺七拼八湊的電腦，CPU 是新的，主板卻是老的，老的主板不能很好地兼容新的 CPU，結果 CPU 的性能便不能很好地發揮出來。
我們在進化上比較新近的“新哺乳動物腦”擁有強大的計劃、決策和認知能力，但是我們的“古哺乳動物腦”和“爬行動物腦”卻總是無法在一些原始誘惑或恐嚇面前做到淡定。正是因為我們大腦中的這些原始“模塊”的存在，我們的高級腦結構需要不斷地抑制原始大腦所控制的沖動的想法和行動，并發展出一些挽救性的措施。
前額葉皮層是人類大腦最高級的部位，負責控制大多數認知的過程，以保證復雜行為被有序、適度地執行。其中，行為抑制（behavioral inhibition）是一項重要的“剎車”機制。它通過調整認知和運動過程，最終阻止某些外顯行為的執行，包括運動抑制、抵制誘惑、延遲滿足和沖動控制。如果前額葉不能正常啟動行為抑制過程，將導致沖動、強迫和注意缺陷（例如，ADHD）等癥狀。所以，我們會聽說某些人在前額葉損傷之后，會變得沖動易怒，有暴力傾向。這同樣也是為什么很多“腦子不太好使”的人會傾向于做出一些危害社會的舉動。這里的“腦子”不太好使，主要指的是人家前額葉的功能低下。
關于大腦的這一缺陷，大家在日常生活中也都會深有體會。比如，我們有時候會因為被憤怒沖昏了頭腦，而干出一些不可思議的行為。再比如，熱戀的時候，我們看到同性和伴侶聊天就會嫉妒心起，有時甚至會大打出手。那些時候，其實我們的大腦已經被原始大腦所主導，新近進化出來的高級大腦沒能阻止原始大腦的行動。
某些由原始大腦所控制的行為，甚至已經深深地“編碼”在我們的大腦之中，我們需要付出巨大的努力才能克服這些想法。比如，你面前有一條毒牙被拔掉了的小蛇，你敢用手去抓么？雖然你的高級大腦的強大認知能力讓你確信這條蛇不會對你造成傷害，完全不用擔心，但是你的原始大腦卻根本不理會。如果你多接觸這些無毒的蛇，多抓它們幾次，久而久之你就不會怕了，這叫去敏感化。去敏感化就是我們的高級大腦試圖“說服”原始大腦相信某些刺激是對人無害的方式（哎，原始大腦就像一個呆板倔強的小寶寶）。
所以說，人類的大腦不是被“設計”的，而是進化而來的。如果硬要挑毛病的話，我認為最大的缺陷就是各個腦區在進化史上出現的時間不一致，導致后期出現的腦結構不得不“將就”先前出現的腦結構，進而導致大腦的工作方式不夠完美。
