學者們普遍認為，莫高窟最為人熟知的南區，從南北朝到元代相繼誕生的禪窟，有鮮明的時代風格?？邇人娜f五千多平米的壁畫和兩千多尊彩塑，很容易出研究成果。
過去二十余年里，彭金章的考古研究卻偏偏選擇了人跡罕至的北區，那里洞窟疏密不均、殘缺不全，一度被認為是敦煌考古的沙漠。
彭金章接受采訪時曾說：“都說北區洞窟是畫工窟、塑匠窟，到底是不是，根據是什么？不清楚。北區洞窟數量有多少？不知道。北區洞窟、南區洞窟的關系是什么？也是個謎?！?/p>
他要求解，于是開始在“考古的沙漠”中苦行。
1988年到1995年，他帶領團隊進行了6次大規模發掘。洞窟有千百年歷史，塵土遍布。彭金章曾回憶，發掘完一個洞窟后，人會變成泥人。眉毛眼睛上的稀土是黑的，鼻涕擤出來是黑的，口罩一天換幾個都是黑的，咳個痰也是黑的。
他稱自己像民工頭，轉頭又向人炫耀：他可以用鼻子分辨一個洞窟是不是存放尸體的奩窟。
他和團隊成員用篩子篩遍了北區的每一寸沙土，篩出了莫高窟惟一一枚波斯銀幣、48枚回鶻文的木活字，以及木經書殘片、泥佛等七萬余件文物。還確知北區崖面現存洞窟248個，使莫高窟現存洞窟總數增至735個；同時證明了北區并非先前認為的畫工窟、塑匠窟，而是僧人居住的生活窟、行僧的禪窟，與南區一起構成完整的莫高窟。
調到敦煌前，彭金章是武漢大學歷史系副主任兼考古教研室主任。如今依舊從事歷史工作的林生豪上世紀60年代初考入武大，彭金章是他的第一任輔導員。那時的彭金章身體不好，有胃病，很瘦，但每周至少兩三次到宿舍和學生談話。林生豪依然記得彭先生關于做讀書卡片的教誨：要想真正做學問，至少要有十萬張以上的卡片。
后來彭金章登上講臺，又一手創辦了武大歷史系，隨后離開武漢、前往敦煌。那里有他的妻子、“敦煌的女兒”樊錦詩。
那是1986年，彭金章畢業23年，和妻子天各一方19年。他用三句話形容他們的愛情：相戀在未名湖，相愛在珞珈山，相守在莫高窟。
離開講臺鉆進莫高窟，他依然是老師，有關考古，他愿意講也愿意教。他給專家學者講，給年輕學子講，也給解說員講。有學生回憶，講起敦煌，他言辭里是藏不住的愛。到了耄耋之年也聲若洪鐘，調侃自己作報告從來不需要準備麥克風。
兩年前有學生到敦煌實習，彭金章講密宗，講莫高窟北區的發掘，還帶學生實地觀摩。北區很多洞窟是崖壁上的禪窟，年近八十的彭老幫年輕人扶梯子，自己也跟著爬上爬下。禪窟是僧人修行打坐的地方，窟室窄小，多室禪窟前室四壁上開著小門洞，人得貓著腰才進得去，為了防止學生撞頭，他總最后一個走，用手護在學生頭頂。
2017年初，彭金章還曾到北大開講座，在場學生感慨其精神矍鑠，沒想到先生會在半年后離開?；蛟S只有樊錦詩清楚丈夫的身體狀況。
3個月前，樊錦詩參加央視《朗讀者》，主持人董卿說，節目組之前邀請樊院長，她以工作忙和不喜歡接受采訪為由，拒絕了好幾次。后來有一天導演特別高興地說，樊院長愿意來了，董卿問：為什么？她怎么答應了呢？對方回答：據說樊院長的愛人喜歡看我們這個節目。
樊錦詩在一旁點頭：“他在電視里看見，可能高興?！?/p>
2017年7月29日，彭金章辭世。前一晚，首屆飛天搖滾音樂節在敦煌舉辦，焰火照亮整片沙漠，像是一場告別。遵其生前遺愿，敦煌研究院對各界均未發訃告，一切從簡。老一輩的莫高窟守護者，和飛天一起飛天，做完風塵仆仆的大夢，回過頭來凝視著古老的敦煌。那里日出三危、日落鳴沙，莫高窟外的胡楊林日日夜夜站著，夕陽把樹影拉得很長。
