學術不端，涉嫌造假，這句話就像是在臺灣學術界扔下的一顆深水炸彈。
3月18日，楊泮池在校務會議上聲明，在今年6月任期結束后，不再續任校長。但是，相當一部分人既沒耐心等到6月，也沒來得及聽到他正式提出的請求，他們發起“匡正學術倫理風氣”聯署，催促他“即日請假”。
這件事情已經綿延了數月。最初的引爆點在去年11月初，臺大另一位教授郭明良的系列論文涉嫌造假，其多篇論文圖片在國外匿名論文審查網站PubPeer上被質疑，隨后，《自然》雜志旗下的《自然細胞生物學》宣布撤回其已經發表的論文。
楊泮池卷入這場漩渦之中，是因為他和郭明良共同署名的論文就在其列。他對于論文案的解釋是，生醫領域的研究通常需要跨領域跨單位進行合作，每人只負責各自專長的部分。出問題的論文大多是圖片誤植及引用未注明出處問題，不是造假。
臺大生命科學院和醫學院成立調查委員會，從事情被曝的當月，一直調查到今年2月底。委員會認定，郭明良違反學術倫理，予以解聘。楊泮池被認定沒有這種行為，他擔任共同作者是“合宜的”。臺大成立委員會調查自家校長，其客觀性受到外界質疑。
與此同時五位臺灣學者呼吁，為了臺灣學術正向發展，希望楊泮池考慮立即停止所有行政職務，以利公正客觀調查。他們聯合起草的《匡正學術倫理風氣聯署書》號召“杜絕一切違反學術倫理之行為”。自2月20日晚開放聯署起，得到超過2500個簽名。
阮麗蓉是五位學者之一，“臺灣中央研究院”基因體研究中心研究員，她認為，楊泮池的所為并非是在為行政和學術疏失負責，。
校長深陷論文案漩渦，“不當掛名”問題存在與否，成為關注焦點。這種行為在學術界不是個例，一則，研究績效采取量化方式評分，需要追求研究數量；二則，論文加入知名學者的名字，更有可能發表。然而，“科技部”表示，共同作者一旦掛名，就應在合理范圍內對其貢獻的部分負責。國民黨文傳會副主委唐德明更指出，共同掛名但沒有從事實際研究的人，已經涉及學術倫理、虛偽不實的問題。
2013年，《決戰時刻》一書被曝有內容抄襲，作為共同作者，臺當局防務部門負責人楊念祖辭職，距其上任只有六天；2014年，前屏東教育大學副教授陳震遠論文審稿造假，時任“教育部”部長的蔣偉寧在其中五篇掛名，后來請辭下臺。
抄襲、造假、不當掛名等學術不端行為會嚴重挫傷臺灣的國際學術形象，敗壞臺灣學術的國際信譽。事實上，臺大校長不是《聯署書》所針對的對象，全臺違反學術倫理的事件才是。學者們要求立即審查相關事件，勿枉勿縱，嚴格懲處。
除此之外，阮麗蓉說，需要查明臺灣上百億研究經費中，有多少流入了造假團隊。學術之路日益崎嶇，爭取研究經費也非易事。通過不正當方式競爭，發表造假論文，好似在清水中滴入墨汁，輕易就能毀掉整個群體建立的形象。
論文案爆發至今近四個月，楊泮池才做出“不續任”決定，頂著臺大校長的帽子，其遲疑搖擺的姿態引來了更多的質疑聲。這絕不是“事件到此為止”的信號，為了不辱“知識分子”之名，學術界的“自我凈化”還在進行。
