2016年10月22日，埃及最高法院做出終審判決，前總統穆爾西因在2012年總統府外的抗議示威活動中“非法拘禁并暴力鎮壓示威者”被判20年有期徒刑，一同被判刑的還包括穆爾西所屬穆斯林兄弟會的幾個高層。
穆爾西曾在2012年6月30日到2013年7月3日擔任埃及總統，后被軍事政變推翻并遭逮捕，他遭受的其他指控還包括“間諜罪”和“泄露國家機密罪”等，這些指控目前還沒有最終宣判。
穆罕默德·穆爾西1951年出生在尼羅河三角洲東部省一個農民家庭，1982年獲美國南加利福尼亞大學工程學博士學位，之后在加州大學北嶺分校任助教，1985年至2010年任埃及東部省宰加濟格大學工程系主任，后來加入穆斯林兄弟會。
在“阿拉伯之春”的影響下，埃及人在2011年2月趕走了穆巴拉克，在2012年6月舉行的總統選舉中，穆斯林兄弟會推出的人選穆爾西以51.7%的得票率當選，成為埃及歷史上第一個經一人一票民主競爭選舉產生的總統，第一個非軍人總統，第一個來自伊斯蘭政黨的總統。當時，很多人都憧憬埃及歷史能進入一個新紀元。
不過，穆爾西的總統生涯從一開始就埋藏著巨大隱患：51.8%的投票率和51.7%的得票率，顯示他其實并沒有得到埃及大部分民眾的支持；埃及中上層社會存在著非常嚴重的“伊斯蘭恐懼癥”，長期的殖民歷史導致埃及中上層精英大多在西方受教育，價值觀也更接近西方。
他們雖然在信仰上是穆斯林，但在價值觀上卻是世俗派，對一切試圖用伊斯蘭教法統治國家的意圖都心懷警惕。除此之外，埃及嚴重的民生問題，對于沒有執政經驗的穆斯林兄弟會和穆爾西來說也是巨大的考驗。
在這種情況下，穆爾西最應該做的是團結各派力量、安定人心，但實際上，他的多項措施強化了社會對立情緒，最終把除了穆斯林兄弟會之外的所有政治力量都推到了自己的對立面。
在短短的369天里，穆爾西在立足未穩的情況下，不經議會批準撤換了總檢察長，使得自己同時執掌了立法、行政和司法三權，在省長的任命上安插親信、排除異己，并宣布了為期30天的緊急狀態，這一系列集權舉動惹怒了埃及大部分民眾。
2013年6月30日，在穆爾西上臺一周年之際，埃及爆發全國性抗議示威。7月1日，軍方突然表態，限沖突雙方48小時內解決危機。7月3日晚，即48小時通牒到期時，穆爾西親自提拔的軍方領導人塞西在電視直播的新聞發布會上，宣布由最高憲法法院院長暫行總統職權。穆爾西的總統生涯就此完結。
穆爾西369日的執政生涯，是伊斯蘭溫和勢力通過民選途徑參與國家治理的一次重要嘗試，施政經驗的不足和政治上的不成熟，以及埃及險惡的政治環境，最終導致了穆爾西的悲劇命運，也給穆斯林兄弟會帶來了滅頂之災。
穆爾西倒臺之后，穆斯林兄弟會被定性為“伊斯蘭國”那樣的恐怖組織，被判死刑和被監禁的穆斯林兄弟會骨干成員超過千人，由軍人主導的埃及新政府趕盡殺絕的姿態非常明顯。而國際社會或出于“伊斯蘭恐懼癥”，或出于拉攏埃及的需要，對用軍事政變推翻民選政府、大肆鎮壓的行徑緘口不言。
這給全世界穆斯林傳遞的信息是，即使伊斯蘭政黨在選舉中獲勝，也無法得到世界的承認，這會壓縮伊斯蘭世界內部溫和政治力量的話語空間，削弱國際社會拉攏激進伊斯蘭勢力進入主流世界的努力。事實上，激進化的苗頭已經出現。在埃及西奈半島等地，恐怖襲擊顯著增加。埃及軍方和穆斯林兄弟會之間持續近90年的斗爭，其實遠未終結。
