對朝廷來說，曾國藩于1864年7月抵達南京接管該城，不只是勝利的一刻，也是恐懼的一刻，因為他是當時全中國最有權勢的人。叛軍京城已滅，他的軍隊兵力無人可以抗衡。華中和華東實質上在他的軍事獨裁統治下，而且他始終未完全聽命于朝廷。在太平天國覆滅后的幾十年里，流傳著這樣的說法：曾國藩底下的數名高級將領——包括他弟弟曾國荃——曾勸他放棄搖搖欲墜的清朝，在南京自登大位，當中國的新皇帝。但他沒有那么做。事實上，就在他進攻南京之役開始進入最后階段時，他就已經準備解散湘軍，交出兵權，把湘軍士兵送回家鄉，在清朝官僚體系里單純當個文官，如此度過余生。
曾國藩既掌大權又順服朝廷，令人覺得矛盾，使那些認定他是個無情軍事領袖的人感到困惑不解。其實，他內在自我與外在自我的涇渭分明，造就了他這樣的作為。外在的曾國藩的確是個杰出而無情的將領，到了這場戰爭的末期，已擁有幾乎不受約束的權力。他統領一支身經百戰的軍隊，中國境內最令人生畏的軍隊，軍中士兵來自他的家鄉湖南，只效忠于他，把他幾乎當神一般。對于生靈涂炭、血流成河，他處之泰然。他是容閎眼中那位“簡直是、幾乎是中國最有權力的人”，是卜魯斯所憂心將接管中國中心地帶之人。
但內在的曾國藩，只有他的諸弟、諸子與少數摯友知道的那個曾國藩，乃是極恭敬、淡泊、?？嘤谝钟襞c前途茫茫之人。他是個將領，但從無意奪取天下，建朝稱帝。他對自己擁有的兵權或權力從未感到高枕無憂。他最希望的乃是回書堆里，當個儒家文人，平靜度過一生。對這樣的人來說，在內戰結束后奪取大位，乃是全然不可思議之事。他或許懷疑朝廷官僚腐敗、貪婪、無能，但他從未質疑皇帝本人的正當性。
在曾國藩看來，特別是在他所處的那個亂世，權力是不祥之物。權力讓他害怕失敗，讓他害怕辜負了加諸他的重責大任，以及讓他時時憂心于隨著個人權勢膨脹到前所未有的地步，將因逾越應守的分際招來上天的懲罰而毀了自己。他知道勤于任事的皇帝終身活在戒慎恐懼之中，整個國家的重擔全壓在他肩上，從即位至死，他的一生全在上天明察秋毫的目光注視下。在這場戰爭的最后幾年，曾國藩已在安徽嘗到這種重責大任在身的滋味，而且那種重任還比不上皇帝肩負的責任之重。那段日子是他有生以來最苦的日子。中國皇帝不值得艷羨，而該可憐。
如果說這場戰爭結束后的情勢發展令曾國藩失望，對英國人來說，最終的回報則更令人不看好。英國人預料平亂之后，對華貿易會大幅成長，結果是一場空。事實表明，這場戰爭的結束，反倒是上海遭殃的開始。帕麥斯頓勛爵認為，英國出手助清廷對付太平天國，將提升英國在華的利潤，后來的發展的確如他所料，只是原因并非他所認為的那些。事實上促進英國對華貿易的不是和平的降臨，而是戰爭的持續。英國人的介入，使太平軍無法拿下上海，使上海周邊地區長期陷于戰火，從而使中國的商人、財富和貨物，為了躲避英國人所協助維持不墜的混亂，而大量涌進安全的上海。逃到上海的有錢人推高地價，為上海洋商帶來可供他們買進再轉手賣出的大量貨物。此外，只要長江沿岸的戰事仍熾，中國商人就愿意以高出行情的價錢，雇請掛外國旗幟而不會受到攻擊的船只運送他們的貨物，以策安全。但太平天國一滅，這些好處全部消失。長江恢復航行安全，外國航運業者的優勢隨之大減，而難民離開上海，使上海的房市跟著崩盤。戰爭期間的榮景為漫長衰退所取代，英國前兩大商行在衰退期間破產。諷刺的是，任何人——特別是帕麥斯頓——都未能體察到，讓中國恢復安定其實從不符合英國的利益。
在外交方面，也沒有什么令英國人樂見的發展。介入中國內戰，未讓他們從清廷那兒得到他們預期的善意或好感，也未使清廷對他們重開對外通商的大門。卜魯斯會在不久后因他的“敬重中國官員政策”受到嘲笑，在許多人眼中，那項政策使得英國政府變成清朝統治者抱在膝上玩賞的小狗。但在無奈接受自己在中國這場戰爭中的角色之后，英格蘭之所以感到自得，是因為不斷有人重述卜魯斯對中國情勢的看法——到了幾乎眾皆認同的地步——這場戰爭中的破壞皆是太平天國所造成，太平天國是不折不扣的一股無法無天的勢力，太平天國是所有文明有禮者或受到良好治理者的公敵。從這個觀點來看，英國介入這場戰爭無疑就是人道義舉。由于這一時勢觀被奉為標準說法，戈登與華爾將以中國這場戰爭的偉大外國英雄之姿留名青史，將被視為挽救中國免于毀滅的人。相對于發動鴉片戰爭和燒毀圓明園之恥，戈登和華爾被昂然標舉為華洋合作的可喜象征（乃至善心象征）?；谕瑯拥牡览?，這場戰爭在英語世界里將被永遠定位為太平叛亂，而非內戰——意即英國站在清朝那一邊，把太平天國視為純粹是反對正當合法政府的叛亂者不法之徒和混亂的制造者造成當時混亂的唯一元兇。
攻下南京后的幾十年里，雖有李鴻章與左宗棠等前將領和漢族官員推行改革，力圖振衰起敝，但中國國勢仍每況愈下。在國內，他們成就不凡，又平了捻亂和回亂，使一度分崩離析的帝國恢復秩序。但對外戰爭所招來的巨額賠款使國庫破產，而滿清朝廷改不了的腐敗與守舊之風，阻礙了他們的全面改革。國內或許已經安定，但放眼世界舞臺，中國已落后于正以驚人速度崛起的鄰國日本。日本再度受益于中國的前車之鑒。1860年代具影響力的年輕武士，把打完內戰的中國視為前車之鑒，認為若沒有徹底改革，日本可能也會淪為和中國一樣的處境。1860年代更晚時的一場革命，讓位給一場如火如荼展開的工業化與社會轉型計劃，這項計劃與洪仁玕為衰弱不振的中國提出的振興構想，盡管在宗教上無相似之處，在精神上卻出奇類似。到了1890年代，日本的現代化海軍將徹底擊潰清朝艦隊，日本將從中國取得臺灣，作為其第一個重要殖民統治區。到了20世紀初期，中國的改革者將把日本視為中國救亡圖存必須效法的榜樣。
曾國藩像
或許中國不必走到這樣的境地。1909年接受英國記者采訪時，日本老政治家伊藤博文提到剛在中國境內展開最后以1911年辛亥革命收場的反清革命活動，并且說那其實早就該發生。在他看來，中國這批新一代革命分子只是在完成太平天國的工作，他堅信如果當初外人不阻撓太平天國，他們早就已經成功。他告訴那位記者：“你們西方人，特別是你們英格蘭人，與中國交往時所犯下的最大錯誤，就是協助滿清鎮壓太平叛亂?！?nbsp;
伊藤博文的說法和戰時主張保持中立的許多觀察家的看法如出一轍。那些觀察家主張英國不該插手，因為中國這場戰爭是自然的朝代更替過程的一部分，得讓它自己走完全程，但言者諄諄聽者藐藐。他主張：“幾乎毋庸置疑的是，太平叛亂發生時，滿清已是山窮水盡， 而戈登及其‘常勝軍’阻止它遭推翻，進而阻擋了一個正常、有益的自然過程。自那之后滿清的所作所為，無一證明他們值得一救。滿清根本不值得救。而等到滿清垮臺，由于垮臺是必然且不久后就會發生，動蕩將更為暴烈，而且會拖得更久，因為那被延遲太久，老早就該發生?！?/p>
從一百多年后我們今日的觀點來看，伊藤博文的預測果然不幸言中。他接受采訪兩年后，滿清覆滅，由中華民國取而代之，而中華民國幾乎是甫一成立就分崩離析，陷入內戰。中國受苦于數十年內戰，國力衰弱，面對外敵的持續入侵幾乎束手無策，將在接下來的20世紀里，竭力恢復其在過去的歷史長河里與世界舞臺上曾長期占有的顯赫強勢地位。
這場戰爭對其勝利者和中國本身都未帶來什么長遠的好處，如果說從這場戰爭的結果可得到什么道德教訓，那絕不可能是令人鼓舞的教訓。因為從某個角度來說，這場戰爭如此收場，或許該歸咎于我們大無畏傳教士的助理洪仁玕。在香港與傳教士共處數年后，他深信他很了解英國人，能充當中國與英國之間的橋梁。這一信念使他提倡對洋人安撫與開放的政策，從而最終害了他自己的人民。同樣地，也可歸咎于生性內向的英國駐華公使卜魯斯。他于上海和北京短暫駐在之后，就認為清廷是文明之邦，力抗一群沒有國王或治國理想的亂民，據此讓他的母國政府相信，必須站在他認為中國境內惟一可長可久的政權那一方，介入中國的內戰。
洪仁玕與卜魯斯的共通之處在于，都自認對于對方文明里良好且可認識的事物有他人所沒有的深入了解。此外，他們還有一個共通之處，即他們都錯得離譜。因此，外國介入與太平天國覆滅的故事，或許最終只是告訴我們信任不該信任之人會帶來多大的遺憾。這個故事說明了我們認為跨越文化與距離的聯結——我們對人的德行根本上同一的希望，我們認為在同一德行下所有人沒有差別的信念——有時其實只是我們虛構的東西。當我們慶幸終于看透將我們與另一個文明隔開的那扇陰暗的窗戶，心喜于在另一邊的陰影之間發現隱藏其中的類似形體時，有時我們不曉得自己只是在凝視我們自己的倒影。
